作为一名长期与大众售后打交道的汽车人，我认为大众车系存在着一些令车主头疼的缺点，以下是其中几个主要的问题。

首先是天窗漏水。对于绝大多数车主来说，天窗并不是必备的装备，因此他们往往会忽略对天窗管道的注意。

然而，当下雨后车内出现大量积水时，车主便会深刻意识到天窗漏水的严重影响。

在质保期内，大众厂家可以免费更换四根天窗水管以及拆卸地毯晾晒。但是质保期过后，一次维修漏水大约需要花费车主1000元左右的成本。因此，在平时的保养维护中，务必让师傅对车子的天窗进行疏通处理。

其次是发动机故障灯亮。这种问题主要存在于大众国六B车型上，尤其是在加了汽油三五天后，车辆仪表上发动机故障灯便会亮起。

在4S店检查后，他们可能会更换碳罐电磁阀、真空泵或者碳罐，这些维修服务都是免费的，但车主需要花费宝贵的时间来等待维修。目前，大众厂家已经对此进行了升级，建议车主及时咨询当地大众经销商以免出现问题导致多次跑去4S店。

第三个问题是变速箱或换挡杆故障。当车主在行驶过程中收到车辆仪表上的提示信息：“变速箱处于紧急状态，请去维修站”时，往往会造成极大的不便。在4S店进行电脑检查后，可能会发现是变速箱控制电脑或换挡杆的问题。

在质保期内，车主可以免费更换，但过期后需要支付数千元的费用。不过，维修价格可以通过与经销商进行谈判而降低。

此外，大众车还存在刹车异响、仪表异响、天窗异响等问题，但由于篇幅限制，本文就不一一列举了。