小鼠组织直扩PCR产品问题集锦

苏言嘉语课程 2024-04-04 11:02:40

FireGen®小鼠组织直接PCR扩增试剂盒适用于小鼠基因克隆、转基因小鼠、基因敲除小鼠的快速 PCR 鉴定。

该款试剂盒有很多优点,使用时省时省力省心,是小鼠基因型鉴定实验的良好选择。关于其优点,简单总结几条,如:

1、极速样本裂解:5min完成样本裂解过程;

2、适用性广:适合小鼠鼠尾、耳朵、脚趾、肌肉等组织;

3、特色小样本提取,减少对动物的伤害:仅需1-2mm的小鼠组织;

4、三步操作,省心省力:混匀-孵育(55℃,5min) - 离心(10000rpm,1min);

5、试剂组分简单:无需使用有机试剂及蛋白酶K;

6、一步高效PCR:百余次工艺优化的含染料TaqMix,扩增片段长度可达5kb。

虽然该款产品对操作偏差、样本特殊性等问题的包容性比较高,但是生命科学实验本就是一场探索之旅,在具体结果展现层面,肯定会有不如预期的那一部分。

或许,此刻的些许不如意,却正是我们寻找原因再次成长的契机。

下面分享下FireGen®小鼠组织直接PCR扩增试剂盒使用过程中遇到几种问题时的原因探索及解决方案,以期对您的实验有所帮助。

阳性对照和样本都未出现扩增条带

可能原因:

(1)PCR条件并非最优

(2)2×FG TaqMix(With Dye)保存不当

(3)引物并非最优

推荐解决方案:

(1)推荐使用梯度PCR摸索最佳PCR反应条件。

(2)2×FG TaqMix(With Dye)应在-20℃保存,使用过程中冰浴保存。避免反复冻融。

阳性对照有条带,但是样本无条带或者条带比较弱

可能原因:

(1)PCR条件并非最优

(2)DNA模板量太大

(3)基因组断裂或者降解

(4)PCR循环数不合适

(5)组织块过大

(6)扩增片段太大

(7)引物浓度不合适

推荐解决方案:

(1)推荐使用梯度PCR摸索最佳PCR反应条件。

(2)增大PCR反应体系,过多使用DNA模板会导致扩增效率下降,推荐使用模板量为0.5-2μL。

(3)提取基因组DNA可在-20℃保存至少1个月。

(4)增加循环数,推荐使用35-40个循环。

(5)推荐组织块大小为1-2mm,组织块过大可适当减小或者增加Mu-DNA用量。

(6)推荐扩增5kb以内基因。

非特异性条带多

可能原因:

(1)退火温度偏低

(2)PCR循环数过多

(3)引物浓度过高

(4)引物并非最优

推荐解决方案:

(1)推荐使用梯度PCR对退火温度进行摸索。

(2)推荐使用35-40个循环进行扩增。

(3)适当调低引物浓度,使引物终浓度在0.1-0.5μM。

(4)重新设计引物。

阴性对照出现条带

可能原因:

(1)引物污染

(2)无菌水污染

(3)操作工具污染

(4)样本间交叉污染

(5)PCR产物间污染

推荐解决方案:

(1)使用耗材需要进过无酶处理。

(2)使用移液器时防止液体飞溅。

(3)减少开盖次数,防止气溶胶污染。

(4)使用的吸头、离心管等耗材应丢弃在含有75%乙醇或核酸消除剂的容器中,防止形

成环境污染。

(5)定期对样本处理区域进行消毒。

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