如果朱允炆不逃跑，等待他的会有两种结局，一是被冲进皇宫的乱兵杀死，二是被朱棣圈禁！

朱棣造反打出的旗号是“清君侧”，这跟汉景帝时期的七国之乱喊出的“清君侧、杀晁错”如出一辙，这种说法是为了让自己的造反更有合理性，同时也是为了让其他人跟“保皇派”划清界限，实际上他们的目的就是为了当皇帝，难道“清君侧”之后真的会罢休？要知道一旦兴兵造反就是死罪，根本就没有退路了，况且皇上没有清君侧的诏书，哪里轮得到你自作主张呢？

如果朱允炆没有逃跑，就在皇宫等着朱棣，那么最有可能的是他根本就见不到朱棣，乱兵之下谁管你是不是朱允炆，就好像尉迟敬德提着李建成的人头去见李渊一样，只能一不做二不休来个彻底的，所以稀里糊涂的杀了朱允炆再说失踪是最好的方法。假设朱允炆被活捉了，那么一切就由不得朱允炆了，自己识相的话会写个退位诏书然后在被朱棣幽禁起来，最有可能的是被朱棣杀掉。

有人认为朱允炆是朱元璋钦定的皇太孙，朱棣不敢杀他，难不成朱棣会留着朱允炆吗？朱棣都造反了还提什么敢不敢的，朱棣根本无路可退！要不就是给朱允炆安上“桀、纣”的恶名杀掉，要么就是杀了朱允炆之后说是自杀了或者逃跑了。

史料记载朱允炆是逃跑之后失踪了，这种说法有很多疑点，当时的朱允炆哪里是想跑就能跑得了的，每处地方都有关卡守卫，作为一个“流亡”皇帝就不会遇到个卖主求荣的？不要把人都想得这么忠心耿耿，多少人都没见过朱允炆，又何谈忠于朱允炆呢？看见朱允炆的车马经过早就被当成可疑人员报官领赏去了，就算为了自保也不敢放他们过去！所以说最有可能的是朱允炆被乱兵杀了，然后编出逃跑这段故事，毕竟这对朱棣来说是最好的结局了！