“从此海氛颇息，通贩洋货，皆用郑氏旗号，无儆无虞，芝龙尽以海利交通朝贵，寖以大显、八闽以郑氏为长城”。

崇祯六年（1633年），归顺大明朝廷的武装海商头目郑芝龙在福建沿海金门料罗湾大败有“海上马车夫”之称的荷兰海军，粉碎了荷兰人企图侵占福建的阴谋，是为料罗湾海战。战后，郑芝龙取得了整个东亚的海上霸权，麾下还拥有一支由汉人、日本人、朝鲜人、南岛语族、非洲黑人等各色人种组成的20万人的庞大军队，和一支3000艘大、小战船组成的舰队，是东亚最强大的海军。郑芝龙通过海外贸易获得大量的财富，也得以养活这支庞大的军队，此时的福建俨然是郑芝龙的“独立王国”。郑芝龙也积极以福建为基地，大力经营海上霸权，而当时的明朝政府被中原的农民军和关外的满清搞得焦头烂额，对遥远的福建也不再过多干预，况且郑芝龙对朝廷也很恭顺，该交的钱是一分不少，双方维系着巧妙的平衡。

崇祯十七年(1644年)三月十九日，农民起义军领袖李自成攻破破北京，崇祯皇帝朱由检自杀殉国。同年四月，明朝山海关总兵官吴三桂打开山海关降清，清军入关。五月，朱由检的堂兄、福王朱由崧在南京称帝，改元弘光，是为弘光政权，占据长江以南的广袤土地，试图与满清划江而治。结果在1645五月，清军就攻陷南京，俘虏朱由崧，弘光政权覆灭，清军尽取江南膏腴之地。弘光朝覆灭后，满清强势推行剃发令，导致各地民变风起，反清运动再现高潮。在此背景下，郑芝龙联合堂兄郑鸿逵与福建巡抚张肯堂、巡按御史吴春枝、礼部尚书黄道周等，在福州拥立唐王朱聿键称帝，是为隆武帝。

朱聿键称帝后，颇有恢复中原的态势，朱聿键也是南明诸君中最有能力的，各地反清武装尊奉隆武旗号，隆武政权一度控制了福建、江西、广东东南三省之地，其中福建则是东南抗清基地的核心。但因为福建的实际权力掌控在郑芝龙手里，而郑芝龙对收复中原并不感冒，他想的只不过是再福建做个“土皇帝”，以至于错失北伐的良机，朱聿键也只能“干瞪眼”。

而后，清军平定浙江的鲁王政权，遂大举南下，攻破闽北门户仙霞关，八闽（福建）震动。朱聿键出逃汀州（今长汀），被清军俘虏，后壮烈殉国。1646年九月十九日，满清征南大将军博洛攻占占福州，尽取兴化（今莆田）、泉州、漳州之地。此时郑芝龙手里依旧拥有10余万人的陆军和数万人的亚洲第一海军，而入闽清军不过数万人而已，郑芝龙仍是可堪一战。博洛也知道郑芝龙的实力，更不想逼急了郑芝龙，于是打出了“统战牌”，博洛派遣泉州绅士郭必昌到郑芝龙大营招降，并以闽粤总督之职诱降郑芝龙，明眼人一看就是缓兵之计。

不成想，“老江湖”郑芝龙却天真地接受了博洛的招降，交出了自己的军队，并随同博洛到北京，一到北京就被软禁起来。清廷让郑芝龙写信招降他的儿子郑成功以及他曾经的部下，但他的旧部大多团结在了郑成功周边，他们坚持抗清，并收复台湾，谱写了一幕幕壮烈的诗篇。

郑芝龙降清事件，直接导致隆武政权的全面崩溃，也大大加剧了南明崩盘的进程。郑芝龙降清，导致清军顺利攻取东南沿海最坚固抗清基地福建，继而底定东南。此后南明抗清武装只得在贫瘠的西南山地（云南、贵州、广西一部分、四次一部分）与清军周旋，无论是人力还是物力都不可与满清同日而语，失败的结局早已种下。假如当时郑芝龙没有降清，守住了福建，那么拥有东南沿海的雄厚物资特别是海外贸易的收获，足可以支撑南明的抗清运动，也许南明的局势或将不一样，而这一切在郑芝龙降清后，再也不可能重现。