明朝与荷兰的战争发生在金门岛附近海域，称为崇祯明荷海战。具体地点是金门岛南部的料罗湾，因此又称明荷料罗湾海战。战争的主角是中国和荷兰，郑芝龙已经归顺明朝朝廷，代表明朝官军，荷兰方是东印度公司。东印度公司不是普通的公司，具有国家职能，可以自建军队、发行货币、与他国签订条约，实际上代表的是荷兰政府。这场战争是国与国的战争，不是民间纠纷。
一六三三年(崇祯六年)六月二日，六艘荷兰战船从巴达维亚启航，乘东南季风往中国进发，沿途不停有各地巡逻船加入。他们一路劫掠来到中国，与新任大员 长官汉斯・普特曼斯舰队在南澳会合。
七月十二日，普特曼斯带着荷兰舰队进入厦门港。厦门守军毫无防备，当时港内停泊着几十艘明朝朝廷和郑芝龙的待修船只。厦门守将张永产正在泉州操办器械，郑芝龙也忙着在宁德一带剿匪。荷兰人击沉港内三十艘大船和二十多艘小船。厦门的商人一时傻住了，傍晚才跑到荷人的船上问怎么回事。
荷兰人开始在厦门一带劫掠。除了抢夺食物外，还迫使厦门、金门、烈屿(小金门岛)、鼓浪屿和附近的村落每周提供二十五只猪、一百只鸡、二十五头牛。随后，他们封锁附近的航道，威胁明朝朝廷 开放贸易。
七月十四日，郑芝龙得到消息后，写了一封信给荷兰人，要求释放扣留的中国商人，并说明攻击的原因。荷兰人毫不理会，继续在浯屿一带劫掠，连过往船只也不放过。
七月二十四日，郑芝龙派代表前往荷兰舰队，说只要荷兰人撤回大员，他可以派商船到大员和荷兰人贸易。二十六日，荷兰人回复了，提出的要求是：明朝立即停止和西班牙、萄萄牙等国的贸易，只能与荷兰人贸易，否则将再度开战。明朝回复是：荷兰人先赔偿战争损失，退回大员，才有谈判的可能。
这种皮球踢来踢去，最终毫无结果，于是荷兰人再度进攻厦门。这一回明朝不再毫无准备，游击张永产和同安知县熊汝霖迎击，荷军败退，十余名荷兰士兵被杀。明军乘胜追击，到了深海，因风向不利就回来了。败退的荷兰人在海上游弋了二十多天，不敢再攻厦门，于是来到料罗湾，临近海澄县境。海澄知县梁兆阳率兵夜渡浯屿，攻破荷兰舰队，焚小船三艘，获大船五艘。
荷兰人没想到连败两场，于是找了两个盟友：一个是刘香，一个是李国助。刘香原是郑芝龙的结拜兄弟，因拒绝降明与郑芝龙决裂；李国助是李旦的儿子，因郑芝龙侵占李旦在台湾的资产而结仇。普特曼斯开给两位海盗头子的条件是：荷兰人的大员、巴达维亚及其他要塞，他们可以在那里停靠，自由贸易。两人欣然应允，凑了五十艘船前来助阵。
荷兰人信心十足，二十九日正式向大明递交宣战书，其中的要求有：
一、在漳州河(今九龙江)、安平、大员、巴达维亚自由贸易的权利；
二、在鼓浪屿建立贸易据点；
三、可派遣代表至中国沿海城市收购商品，船只能在福建沿海自由停泊；
四、不准任何中国船只前往马尼拉；
五、荷兰人在中国享有与中国人同等的法律权利。
别说五条，就是其中任何一条，明朝朝廷都不会答应，反倒是利用这个机会积极备战。八月三日，明军开始动员，郑芝龙更动用江湖规矩，在朝廷的赏赐外，另加赏格；凡参战者每人赏银二两；若战事延长，再额外加五两；烧掉一艘荷兰船只赏银二百两；取得一个荷兰人头赏银五十两。当时七品官的月俸部过五两，杀掉一个荷兰人的赏赐相当于七品官一年的俸禄，可见这个赏格之高。荷兰人听到这个消息后，心惊胆战。
此后，双方集结兵力，互寻战机，摩擦不断，各有胜负。
十月二十二日黎明，明军得到可靠消息，荷兰人和刘香的联合舰队主力正停留在金门岛南部的料罗湾，于是率主力悄悄进入。
开战之前，先来了解双方的军力。
首先是荷兰，有十三艘军舰，其中十二艘是盖伦船，一艘中国式帆船(西方人称戎克船)，盖伦船拥有两层或多层甲板，排水量在一千吨左右，每船装有二十〜三十门加农炮(红夷大炮)。
刘香的五十艘海盗船都是老旧中国式帆船，具体火力情况不明，但拥有十几红夷大炮。
明军方面，全是中国式帆船，总数一百五十艘，数量上绝对占优势。船只大小不一，其中一百艘为明朝海军原有船只，普遍较小，战斗力弱。剩下的五十艘是郑芝龙当海盗时的战舰，作战能力较强，火力配备是：佛郎机六座，碗口铣三个、喷筒六十个、鸟嘴铳十个、烟罐一百个、弩箭五百支、粗火药四百斤。
佛郎机的射程和精准度远不及红夷大炮，郑芝龙想在船上加装红夷大炮，但因中国式帆船结构限制，只能在船头和船尾各装一门。但船头和船尾不能同时朝一个方向作战，五十艘船就相当于五十门炮(红夷大炮)，与荷兰的二百多门侧舷炮比还是差得远。
在火力上，明朝不占优势，但在数量上，占有绝对优势。
战术方面，荷兰采用欧洲人常用的方式，将战舰拉成一条纵线，依靠舷炮的威力，绕着圈打击敌人。而明朝方面，还是传统作战先将战船与敌船靠近，然后跳上甲板，以肉搏取胜。葡萄牙人与印度、阿拉伯联军作战时，因为阿拉伯船矮小，即使靠近也爬不上敌人的甲板，导致大败。
郑芝龙长年和欧洲人打交道，船只不断改进，船体不小，不存在这个问题。但西班牙无敌舰队与英国人作战时，用的也是肉搏战，但英国船只根本不让西班牙船靠近，靠着侧舷炮大败无敌舰队。明朝方面要取胜，硬拼肯定行不通，必须采取策略。
战斗一开始，荷兰人果然摆出一字长蛇阵，刘香的五十艘海盗船四散成圆圈，将荷兰船护在其中。这时，如果郑芝龙的明军强行进攻，就会遇到刘香海盗船的阻击，同时遭受荷兰战舰红夷大炮的远端打击，结果可想而知。
郑芝龙可没有那么简单，采用中西结合战术。他知道问题关键在荷兰的十二艘盖伦船，刘香不过是见利起意，完全不用放在心上。他早有准备，将一百艘小船改造成火船，另外五十艘加装红夷大炮，与荷兰人周旋。
十月份(农历九月)，正是东南风盛行的季节。看到东南风，是不是想到赤壁之战？是不是想到火攻？没错，郑芝龙也是这么想的。
傍晚，明军开始进攻，郑芝龙立即兵分两路：一百艘火船抢占上风口从正面突击，只留一部分战船与刘香的海盗船纠缠，其余的穿过刘香防线，迅速向荷兰船靠近，借风放火；另一路是郑芝龙的主力战舰，顺着东南风，藉着夜色，绕到荷兰舰队侧后方，用火炮攻击荷舰队，荷兰舰队的侧舷对着南方和北方，这个位置不会遭到荷兰人的炮火攻击。
荷兰人从没见过这种打法，一时顾此失彼，阵形大乱。没多久，荷兰舰队的一艘盖伦船被点燃，随后沉没。接着，另一艘被击沉。郑芝龙一看时机已到，留了一支小分队拦截逃跑的敌船，其余的战船一拥而上，与敌人短兵相接。刘香、李国助一看荷兰人不行了，立即逃离战场。
战斗的结果是，荷兰人除了四艘战船逃离外，其余全部被摧毁，一百人被俘。
明朝最终取得胜利，但也付出了八十六人战死、一百三十二人负伤的代价。
