在东晋中央朝廷花了不知道多少心思，丢了不知道多少层脸皮才把高举清君侧旗帜的王恭和殷仲堪这两位地方藩镇大员给送回各自老巢过后，东晋中央深感危机，一个人感受到危险后肯定要加强武装自己，而一个大帝国就更是如此了，提升自身能掌控的军备力量已经刻不容缓的事情了，本来这对晋朝中央朝廷来说是件好事，可惜操盘人司马道子的操盘手段不行，直接把所属自身阵营的豫州刺史庾楷给推到了敌对阵营，在一系列的连锁条件下，死去的孝武帝一派势力和代表道子党的中央势力没过多久就又爆发了战争，更让人大跌眼镜的是东晋中央实际上的一把手司马道子却害怕地自暴自弃，反而是其未满十八的儿子司马元显成了这场战争的应对者。

这第二次清君侧战争虽然说是王恭挑起的，但是在上次清君侧的过程中荆州刺史殷仲堪却意外地发现朝廷原来很好欺负，所以这次战争殷仲堪行动非常积极，同年公元398年7月底就发兵，先遣杨佺期为先锋、桓玄为副率五千水军沿长江东下，自己率军两万，随后跟进，道子党和孝武帝一脉的冲突再次以战争形势爆发。

司马道子寄托厚望的江州刺史王愉实在不堪重任，在战争初期也就是8月初的时候，就被荆州刺史殷仲堪的前锋部队吓得弃城而逃，在逃到临川的时候被桓玄偏师所俘。眼看形势万分危急，在9月2日，朝廷加司马道子黄钺，以会稽世子司马元显为征讨都督，统一指挥中央军。既然西边的殷仲堪咄咄逼人，东边的王恭兵锋亮目，司马元显上任后就将中央军分为东西两路，东路由卫将军王珣、右将军谢琰指挥，抵御青兖徐三州刺史王恭，西路则由司马尚之指挥，讨伐豫州刺史庾楷和荆州刺史殷仲堪。

先把目光看向由司马尚之统率的西路军的战况，作为晋朝宗室当中少有的有才略的人才，司马尚之讨伐豫州刺史庾楷的过程十分顺利，先于慈湖击败庾楷将段方，后更是在牛渚大败庾楷，令庾楷只身西逃，投奔正在顺江东下的桓玄，及后司马道子便以司马尚之为建威将军、豫州刺史、假节镇历阳，代替庾楷。不过在9月16日，桓玄与杨佺期率军从荆州到来后，司马尚之先前的一帆风顺就到此为止了，桓玄与杨佺期先是在白石大败朝廷所派的的西路军，并立马进攻至横江，司马尚之大败而逃，弟弟司马恢之所率的水军全军覆没，至此晋朝中央的西路军布防完全失败，荆州刺史殷仲堪的军队到晋朝首都建康城的道路可以说是一帆风顺，再也没什么军事重镇来阻拦了，晋朝朝廷只得调集大军在石头城和建康附近以作防备，如果形势发展不好也只有在首都附近打一场建康保卫战了。

不过情况最终还是没有恶化到那一地步，虽然现在从表面上看，晋朝中央军已陷入由殷仲堪统率的强大荆州军和王恭麾下的北府军的东西夹击之中，且数战不利，局势已岌岌可危，似乎也只有发生一场奇迹才能摆脱现在的危机状况，但是会稽王世子司马元显却是把决胜的筹码放到了东边的王恭那边去了。

前面提到东路军是由卫将军王珣、右将军谢琰来指挥，谢琰这个人没什么问题，但是这个王珣可是在上文中和车胤一唱一和，把王国宝的脑袋忽悠掉了，王珣这个人纯属立场就有问题，他本身就是孝武帝一脉的人，简单的说，王珣和其将要讨伐的青兖二州刺史王恭是一伙的，大战当前最高统率是敌方的人，这战争还能打赢吗？

司马元显当然不是弱智，因为他真正下注的地方，并不在王珣，而在刘牢之，司马元显此生最聪明的时刻，就是看穿了此刻王恭大军强大表象背后的致命内伤，现在中央朝廷之所以害怕地方藩镇王恭和殷仲堪，并不是因为这两个人有什么雄才大略，说实话这两人的军事才能十分一般，王恭和殷仲堪之所以能接连逞威，倚靠的还不是他们麾下的猛将。比如说王恭，若他手下没有北府军这样的劲旅和刘牢之这样的猛将，他还有何可惧？此时的刘牢之就是北府军的灵魂，策反了刘牢之，也就等于策反了北府军。而王恭与刘牢之会是铁板一块吗？

王恭和刘牢之两人当然不是铁板一块，就像王恭看不起刘牢之，刘牢之对自己这位顶头上司也是颇不服气的，刘牢之能在门第、相貌和清谈样样不行的情况下，爬到了北府军的高层，凭借的便是为国立下的百战功勋，其间的每一步升迁，都对应着一段流血流汗、搏命厮杀的历史，这样爬上来的刘牢之自然看不起依靠家世和相貌上位的王恭，虽然两人表面上看还比较和睦，但是其间的矛盾也已经十分严重了，上次王恭清君侧诛杀王国宝的时候，刘牢之可是出了大力，但王恭却自以为功德威望大显天下，只把刘牢之当作一个行阵打仗的武夫而已，很轻待刘牢之，而刘牢之这样依靠军功爬上来的人心气十分高昂，对王恭这样的轻视当然是十分怨恨。

所以当司马元显派刘牢之的老朋友，曾为北府旧将、现任庐江太守的高素悄悄来拉拢他，并许诺只要事成就将王恭现在的职位授予他的时候，刘牢之心动了，在和儿子刘敬宣商议后就投向了司马元显，毕竟朝廷才是正统，而且司马元显给出的筹码也实在让人拒绝不出来，因为按照常理来说，出身寒门的刘牢之已经十分接近此生官场的顶点，因为在东晋帝国还没有那个寒门中人能做到封疆大吏这一级别。不料，此事被王恭的参军何澹之探听到风声，连忙来向王恭报告。王恭虽然看不起刘牢之，但那是他身上自高自大的贵族习气使然，他并不讨厌刘牢之。过于自信的王恭认为，何澹之与刘牢之平日有矛盾，他并不相信这位何参军说的话。现在正要打仗呢，如果除掉刘牢之，难道你何澹之有本事指挥北府军？

但为了保险起见，王恭还是决定设宴抚慰一下刘牢之，更是在酒席间当着众人的面拜刘牢之为义兄，并许诺事成之后让其接管北府，但是早干嘛去了，刘牢之早就受够了王恭的轻视和怠慢，而他自以为的折节下交拜刘牢之为义兄也并没打动刘牢之，刘牢之倒向司马元显的决心显然已经不会改变。

数日后，刘牢之在竹里发动兵变，杀掉王恭的心腹将领颜延，率前方大军投降朝廷，同时派儿子刘敬宣与女婿高雅之回师京口，进攻王恭。当时王恭正在城外阅兵，刘敬宣率领的骑兵突然杀到，王恭的部下立即崩溃，王恭打算返回城内时又发现城门已被高雅之关上，只好独自一人骑马逃生，但王恭平日里养尊处优，很少骑马，等他逃到曲阿时，两腿都被马背磨得皮破血流，痛得实在不能再骑，恰巧遇着故吏殷确，殷确打算用船把王恭送到桓玄那里去避难，结果却在长塘湖被刘牢之部队所抓获，随后就被送往建康斩首，临死前他对监斩官说：“都怪我自己糊涂，轻信了不该信的人，落得今天这样的下场。但追究我的本心，仍是忠于国家的，但愿百世之后的人们，知道有过我王恭这样一个人，我便知足了！”事后刘牢之抄没王恭的家产，并无余财，只有一些书籍。

王恭死后，刘牢之如愿接替王恭现有的职位，接管兖、青、冀、幽、并、徐、扬七州及晋陵的军务，突破了寒门晋升的天花板，从默默无名的中级将领一跃成为影响东晋国势的顶级大佬，自此刘牢之也开始有资格来主宰东晋帝国的命运走向了。当王恭被杀的消息传到殷仲堪所领导的进攻建康的西路军当中的时候，可把欺软怕硬的主帅殷仲堪给吓了一跳，怎么打得好好的，东路友军就变成敌军了呀？对于王恭麾下刘牢之所领导的北府军的战力，殷仲堪心里还是有些度量的，当下也顾不得正在围攻中唾手可得的建康城了，马上撤军班师回到蔡洲，当时就连殷仲堪麾下的两位副手杨佺期和桓玄这两个自命豪雄的人物也没提出反对意见，一行人慌慌张张地就回去了。自此这次由王恭殷仲堪这两人发起的叛乱就此失败，死去的孝武帝一派的势力和道子党一派的势力之间的力量发生了惊天逆转，道子党所在的中央势力由防守状态转为了进攻态势，接下来就轮到殷仲堪、杨佺期和桓玄这三人不好受了。

王恭这个人怎么说了，其人品还真不能算坏，自京口上任以来以宽大仁惠作方针施政来治理地方，也还算可以，但是他为人非常矜持，也可以说是傲娇，其实他内心里并不讨厌像刘牢之这样的寒门武夫，不然后来也不会拜刘牢之为义兄，要知道在当时东晋的社会氛围讲究的就是上下有序等级分明，王恭这样做其实也需要十分强大的勇气的，只不过王恭始终受限于东晋的等级森严的门第观念，他和北府军的中高层将领们之间始终是有着一层隔膜的，在平时这个问题可能还算不了什么，但是在关键时刻这个缺陷可真的是要了人老命，所以在眼看王恭殷仲堪这些武帝党的势力要赢得胜利的时候，居然被年纪轻轻的会稽王世子司马元显抓住破绽，实现了东晋中央的逆风翻盘，真可谓是为山九仞,功亏一篑，打铁还需自身硬。王恭起兵的本意也许可能还真的出于公心，但是他的能力实在是太过平庸，而且更要命的是他还不听劝，十分固执，为人刚愎自用，眼高手低，对待下属严苛，缺陷缺点十分突出明显，王恭这样的人如果第一次清君侧成功掌权的话，恐怕也不会比司马道子强到哪儿去，被推翻也是迟早的事情。