准噶尔汗国的灭亡主要是由于自身出了问题，主要就是内乱。

话说准噶尔汗国在噶尔丹死后，虽然向东进的步伐得到遏制，但仍然保留了强大的实力。而葛尔丹的继任者策妄阿拉布坦和他的儿子噶尔丹策零皆是枭雄。所以，准噶尔汗国仍然是中亚一强。

准噶尔汗国衰弱的契机是在噶尔丹策零死后。话说在他死后留下了三子一女：长子喇嘛达尔扎，次子那木札尔，三子策妄达什，女儿乌兰巴雅尔。次子那木札尔由于母贵，继承汗位。然而，那木札尔实在是昏庸之主，“童昏无行，恣睢狂惑”，长大后，更是“以谗幽其女兄多戮宰桑（管事官之意）”。如此倒行逆施的行为，引起了诸台吉的不满。于是“其女兄之夫与诸台吉攻殪之”，立喇嘛达尔扎为汗。而当时的两个同族台吉大、小策零的部众意图拥立策妄达什，被喇嘛达尔札所忌。

喇嘛达尔札不久便将他的三弟策妄达什和小策零之子达什达瓦除掉，而大策零之孙达瓦齐知道终将大祸临头，遂与辉特部台吉阿睦尔撒纳联合谋划，阿睦尔撒纳率军“于山岭僻境绕道入伊犁”，袭杀喇嘛达尔札，迎立达瓦齐为汗。在达瓦齐立后，又不满阿睦尔撒纳擅权，两人遂率部众互相攻杀。最后，阿睦尔撒纳不敌，“遂率所部两万余人来降”。

经过这一连串的大内耗，准噶尔汗国的实力遭到了极大的削弱，不断有台吉率领部众归降清廷，就连达瓦齐手下大将玛木特也投降了清廷，“既而准部骁将玛木特见诸台吉相踵内附，必召大兵，知准噶尔事不可为，达瓦齐不可辅，亦脱身来归”。

一直关心西北的乾隆意识到消灭准噶尔汗国的绝对机会到了，遂发动大兵以降军为向导进行征伐，由于准噶尔汗国的内乱，战争并无惊险之处，“天山南北两路皆不血刃而定”，俘虏达瓦齐。至此，称雄西北的准噶尔汗国灭亡。

但是，事情还没有结束。阿睦尔撒纳和那些归降原本归降的部落和硕特部、辉特部等部在受封之后再次背叛了清廷。震怒的乾隆皇帝决定对反叛行为痛加洗剿，并且在这件事后，乾隆也决定将新疆纳入中央政府以永远消除边疆祸患。《清稗类钞》、《啸亭杂录》和《圣武记》对乾隆的态度记载非常明确“上以诸贼甫受封赏，辄叛，知额鲁特概不可以恩信结”（除文字不同，语意相同），在付出了不小的代价后，终于将这场叛乱镇压下去。

​而厄鲁特蒙古也迎来了自己的浩劫。乾隆皇帝和他派驻的将领一致认为如若想稳定新疆局势，必须将漠西蒙古连根拔起。于是，就有了无比惨烈的屠戮，请看《啸亭杂录》载：“时厄鲁特慑我兵威，虽一部有数十百户，莫敢抗者。呼其壮丁出，以次斩戮，寂无一声，骈首就死，妇孺悉驱入内地赏军，多死于途，于是厄鲁特之种类尽矣！”除了杜尔伯特部始终没有叛乱得以保留，准噶尔其他各部被清军从新疆抹去。史载“凡病死者十之三，逃入俄罗斯、哈萨克者十之三，为我兵杀者十之五，数千里内遂无一人”。

至此，曾经称霸西北的厄鲁特蒙古就此沉寂，不再为边患了。