1863年底，太平天国形势已经很难挽回，湘军包围天京越来越紧。很多地方将领已经看出天王前途黯淡，都在各自打算，有的准备降清，有的则利用手中兵力，想自己搞一番事业。

忠王李秀成却仍然在为太平天国那已经一抹黑的前途而奔波，他自己的机动兵力已经在“进北攻南”中损失殆尽，为了保卫天京，忠王只得屈尊去仍受太平天国控制的各县各郡寻求援军，但收效甚微。洪秀全“众建诸侯而少其力”的恶果完全浮现，各地守将只想守住自己地盘做山大王，其他地方，包括天京在内，发生什么事与自己没有关系。至此也只能感叹一句人心散了，队伍不好带了。

忠王最后打算放弃自己的分地苏州，将苏州守军转移，想不到却连多年的下属、苏州主将慕王谭绍光都劝不动，绝望的李秀成只能在12月1日离开苏州。3天后，慕王谭绍光就被手下纳王郜永宽在内的4王4天将杀害，将苏州献城给李鸿章，不久这8人也被李鸿章与程学启设计杀掉。

李秀成撤出苏州后，何去何从？他打算取道丹阳，返回天京。但堂弟侍王李世贤却派人送过来一封信。

这封信的大意，是天京城中的洪秀全已经无可救药，两兄弟大可以统一行动，另作打算。侍王虽然已经丢掉大本营金华，正在溧阳一带驻守，但手下还是有兵有将，以李秀成、李世贤二人的号召力，要拉起一支队伍毫不困难。

李秀成却不为所动，专门走小道避开堂弟阻截，于12月20日带着少数人回到天京。

李秀成此次回到天京，初衷并不是为了困守孤城，而是要劝天王洪秀全“让城别走”，放弃天京，转移到内地。

在苏州、无锡失守后，太平天国的苏、浙根据地已经崩溃，天京已经失去依靠，粮食都收不上来，再守已经毫无意义。

唯一的救亡良策，只有立即从天京撤退，保存有生力量，取道江西、湖北出中原，向西北长征，与当时正在陕西一带的英王陈玉成旧部扶王陈得才、马融和等会师，在西北重新建立根据地，再图中原。

撤退到西北内地，还有一重原因，“那里不是洋鬼去得到，也不是妖兵水师去得到”。李秀成与洋人打过很多场仗，深知外国军队最厉害的除了洋枪洋炮，就是装有大炮的兵船。换句话来说，只要不沿海不沿江，洋人的兵船就发挥不了作用，清军水师同样无用。而且洋人参战是要保护自己在中国的利益，当时列强利益集中在沿海地区，对内陆染指不深，在内陆地区与清军作战，洋人未必有直接参战的兴趣。

但这番忠言，洪秀全却是不听。李秀成不得已，跪地再恳求，估计被洪秀全的态度激怒了，忍不住说道：

“若不依臣奏，灭绝定了！”

洪秀全一听，勃然大怒，严加斥责：

“不用尔奏，政事不用尔理，尔欲出外去，欲在京，任由于尔。朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕的天兵多过于水，何惧者乎！尔怕死，便是会死。政事不与尔相干！”

这等于要革掉李秀成的职务！李秀成在阶下可谓伤心欲绝，当场也说了狠话：

“求尔将一刀杀我，免我日后死在妖手。为主臣子，未闲片刻。今将国事启奏，主责如斯，愿死在殿前，尽心酬尔！”

这可以说是洪李二人之间最激烈的冲突，而且就发生在朝堂上，李秀成把自己这些年所受的委屈一股脑倾诉出来，含泪离开了朝堂。

洪秀全此人还是有些长处，虽然刚愎自用，听不进谏言，但冷静下来仍然会分析利弊，知道现在的恶劣形势，唯有忠王可用。第二天马上派人把自己穿过的龙袍送给李秀成，算是很罕见地承认自己犯错，在朝堂上冲动了。但从天京撤退呢？那是绝对不可能的！李秀成了解洪秀全的这份心意，也决定尽忠到底，“逼气以陪其亡”留下守城。

洪秀全为什么不愿意放弃天京？李秀成后来在自述里说道：

“（洪秀全）京城不固，久悉在心，因自好高，不揣前后。入南京之时，称号皇都，自己不肯失志，靠实于天，不肯信人，万事俱是有天。”

洪秀全并非迷信于所谓的“天兵”，他没有愚昧糊涂到这种程度，心里边也知道“京城不固”，这城是守不了的。为解天京之围也作了努力，除了留下李秀成，也急诏陈得才从陕西率领大军回救，命章王林绍璋、干王洪仁玕捧诏到丹阳、常州、湖州等地催兵解围。

然而，明知天京不能守，为什么不肯从天京撤退呢？就因为“因自好高不揣前后”“不肯失志”。不肯丢下天王的颜面，不肯离开天京宏伟的宫殿，天京亡，国家也随他一起亡就是了。

洪秀全依仗的那几路援军都没法前来，陈得才大军从陕回援，被几路清军阻击在鄂豫皖交界处无法前进。天京附近的军队，包括李世贤、杨辅清、黄文金等名将，虽然有几十万人马，因为天京无粮，不能，或者说不肯不愿前来。李秀成只得命令李世贤率领江南太平军主力进军江西就粮，打算让他们休整扩军，等到1864年秋粮成熟，再会同江北的陈得才部一齐回援。

围城的湘军逐步收紧包围圈，将城外太平军据点一个一个拔除。同时淮军、楚军各部也在苏、浙步步进逼，最后太平天国在天京之外，甚至只剩下堵王黄文金固守的广德和湖州最后两个据点。但城中全赖有李秀成坐镇，因此可以在只有少量兵力，而且缺粮的情况下，勉强坚守到了1864年的夏天。

1864年6月2日凌晨四更，因长期食用“甜露”（野草）、蜈蚣等物病入膏肓的洪秀全拒绝服药，念叨着“大众安心，朕即上天堂，向天父天兄领到天兵保固天京”去世，3天后幼天王洪天贵福在李秀成等人拥立下即位，城中军心更加散乱。

此时的李秀成已然打算好，城可以守就守，不可以守就找机会撤退，“尽心而救天王这点骨血”，只要幼天王在，太平天国仍然有号召力，可以退到西北再寻求复兴天朝。

只是后来的发展，李秀成还是无法如愿。1864年7月19日午时，天京城破。李秀成护持幼天王换上清军号衣，在初更时分从湘军轰塌的城墙豁口化装突围。

李秀成把自己一直所骑的矫健骏马让给幼天王，自己换骑一匹劣马，亲自率领后队，拒抗追兵。因为劣马不得力，忠王掉队，只得上天京西南方的方山顶破庙内暂避。

在破庙内，因为随身携带准备日后招兵买马之用的金银财宝耀眼，引来附近村民争抢。李秀成又不肯剃头，某些人见财起意，“这种珍宝，天朝大头目方有。你们问我分此物，必获此头目”。告密于附近的地主陶大兰，陶大兰连忙上山捉住李秀成，解到湘军提督萧孚泗军营。

李秀成作为太平天国最后的统帅，对天王、对太平天国尽忠到底，甚至已经到了“愚忠”的程度。其他将领不肯相救天京，只有他只身返回，与天京共存亡，最后仍然费尽心力要保存天王的血脉。可惜洪天贵福等人虽然成功到达湖州与黄文金会合，却在出发前往江西途中在石城县全军覆灭，幼天王在南昌被处死。太平天国的奋战，虽然仍然有余波，但基本上也到此为止。