1192年日本进入镰仓幕府时代（1192—1333），后经短暂的吉野时代进入了室町幕府时代（1336—1573）。

与前朝相比，“镰仓幕府之时，定例不摹仿海外制度，专立本国制度”，是谓“正体一变”。然在镰仓幕府和室町幕府大约400年的时间里，“公卿子弟的教育方法主要承袭前代的形式”。

1192年，源赖朝通过“下克上”的武力斗争推翻公家政治即贵族政治，在镰仓设立幕府开启武家政治。平安时代的贵族势力衰退，武士阶级逐渐兴起。

镰仓幕府的建立标志着政治实权从贵族公卿的手中转移到了武士阶级手中，武家政治为让公家远离政权中心，虽允许贵族公卿位居高官但却都是没有实权的闲职。随着天皇朝廷权力的衰落，学校制度无以为继，其开办的学校也就随之衰败直至废弃。

因此，可以说镰仓时代是官私学校教育的空白时期，教育主要是通过家庭、学者开办的私塾和寺院进行的。最初寺院教育是向僧侣或志愿成为僧侣的人们讲授经文，但随着社会的发展，寺院也向一般民众子弟教授汉文和书道等学问，武士和庶民进入寺院开始接受读写算等知识的教育，寺院教育逐渐私塾化，成为私学教育机关中的一种，所以可以推测出在官立学校被废弃的镰仓时代私学应该是相当发达的。

镰仓时代净土宗、真宗、禅宗等各宗派发挥出了各自的创造力，使佛教发展到了鼎盛期。寺院教育逐渐取代学校教育，寺院教育分为作为初等教育机关的寺院和实施高等教育的寺院两种，向志愿成为僧侣的青年和一般世俗子弟教授读写算的寺院为初等教育机构，以培养僧徒为目的实施专门教育的寺院为高等教育机构。

平安时代，庶民阶级鲜有接受教育的机会，可以说是被排除在教育对象之外的。也正因为如此，镰仓时代从庶民阶级中走出来的武士，最初的文化教养水平很低。源赖朝嫌弃原来公家的文弱之风，鼓吹质实刚健之风，排挤诗歌管弦等游乐，奖励武艺训练。

但随着武家政治的推行，统治者发现武艺虽适用于战争，但并不适用于政治统治，文化教养较低的武官无法处理平时的政务。到了镰仓时代中期，武士阶级意识到单纯重视武艺是不利于政权统治的，便开始接受和亲近贵族阶级的文化生活，实行以武为主、以文为辅的文武兼修的教育方针。

在假名产生之前，日本主要是通过吸收和移植中国文化来发展本国文化的。在日本封建社会里，不管是政权还是教育都掌握在上层统治阶级手里，大多数庶民无法接受教育。

从朝鲜传来的中国文化和佛教文化最初也只是在贵族阶级内部传播与消化。但到了平安时代后期，随着贵族政治的堕落，从庶民中出来的武士阶级开始抬头。新兴的武士阶级势力快速壮大，并从贵族阶级手中夺取了政治统治权，开始了武家政治。

武家政治的出现使少数贵族统治多数庶民的社会体制瓦解，一度提高了庶民的社会地位。虽然武家取代了公家统治，但为维护以武力夺取的统治地位而实行的世袭制，又使武士阶级脱离了庶民，形成了武士统治庶民的新社会体制。武家之间为争夺势力范围，开始了以武力决定胜败，弱肉强食的战乱时代，致使庶民阶级陷入苦难当中。

随着阶级势力的此消彼长，教育的方针政策也在不断地发生变化。原来只在上层贵族阶级间实行的公家教育，也慢慢成为面向武家和庶民的教育。原来的国家教育一直是中国文化一边倒，就是只教授中国书籍的读解。

可是，随着武家教育和庶民教育的发展，中国文化一边倒的教育逐渐向日本文化本位制的教育转变。平安时代后期，藤原氏的势力衰落，汉学教育也随之衰败，镰仓时代虽还有些余势，但进入吉野时代后教育便从中国文化倾向日本文化本位转换。

汉学教育繁荣的平安时代，教科书全都是从中国传来的汉书且无译本，甚至读解教科书用的字典也是汉字标记，可见平安时代在教科书的采用上也是贯彻彻底的汉字本位教育。进入吉野时代，日本逐渐脱离中国编辑的汉语教科书，开始使用本国编纂的和书。

这一时期，官设的教育机关全部废绝，平安贵族设立的族学大多消亡，取而代之的是寺院教育的兴盛。贵族阶级手握的教育主导权逐渐转移到寺院僧侣手中，直至江户时代。

所以，我们可以从上述教育背景中推断出，随着平安时代贵族阶级的落寞和武士阶级的掌权，汉学教育即中国文化本位教育的衰退以及寺院教育的盛行，原来汉文化在日本快速发展时期带动发达的私塾教育，在汉学不受重视、和学迅速发展、贵族阶级没落的背景下，随着支持者和入学者的减少。

以贵族阶级子弟为主要教育对象，教授汉学文化和儒教经典的私塾也逐渐减少，学校外的私塾开办逐渐放缓，校外的寺院教育则发展迅速，教育对象也不再局限于少数贵族阶级，向武士和中层庶民阶级扩展，教育范围也从市中心的小地域教育向全国各地区扩展，教育机构也从以青少年为主的官设、私设的教育机关向以儿童教育为主的寺院教育过渡。

室町时代基本上延续了镰仓时代的教育状况，官学教育机构依然处于空白期，“奈良平安时代所传下的学校及文物，到了这时，几乎完全都归灭绝。而教化得以绵延至今日者，实赖僧侣及家学之功”。

当时，文教的主导权握在受过高等教育的僧侣手中。随着武家政治的推行，战乱割据的到来，原本文化水平不高的武士阶级本就疏于家庭教育，加之战乱更是无暇顾及，所以便将子弟交与寺院。

寺院教育不问阶级出身，只要是年少孩童即可入学。可以说寺院教育给予了庶民阶级平等享受教育的权利，推动了识字率的普及。这一时期的私塾教育实为以武士子弟为主要教育对象的高等教育机构，庶民子弟则主要集中在寺院内接受读、写、算等初级教育。

原因在于，私塾教育实际上是一个由个人关系联结而成的人际关系网，“那时，要进入私塾学习，学生一般得需要社会上有名望、有地位的学者作为担保人，而这个人多为其之前就一直学习的老师”。

室町幕府时代，由于没有明确的法令条文对私塾的设立进行规范和限制，所以私塾的创办相对较为自由，规模大小不一，逐渐呈现出层次不一的发展局面。在室町时代后期，开始出现一种叫“寺子屋”的教育机构，主要是由镰仓时代私塾化的寺院教育发展而来的。

随着庶民教育的发展，庶民子弟对教育的需求也日渐增多，小的寺院已经难以满足实际需求，武士、浪人、神官、医生以及一些有文化基础的庶民纷纷开始创办私塾，教授初等教育内容。

这些私塾具备庶民教育的初等性，其学生被称为“寺子”，所以这些私塾也被称为“寺子屋”。有的教育史学者认为寺子屋是由群众自发兴办起来的专门为庶民子弟提供教育且具有灵活机动性质的初等教育机构。

寺子屋主要是为了满足当时日本国内经济社会发展对人们读写算等基本技能的需求而设立的教育机构，当时甚至妇女也可以进入寺子屋接受初等教育。从寺子屋的经营者来看，在城市地区，其经营者多出身于武士阶级，除了教授基本的读写算外，还教授《论语》《孝经》等汉学典籍；在农村地区，其经营者则多为农民和町人，为了满足他们经营日常生产和生活的实际需要，教授的内容也比较实用。

室町时代的日本还诞生了一种特殊的私塾教育机构——基督教学校。它虽然在日本的私塾教育中并不占有十分重要的地位，但是在对西方科学技术和文化知识的传播方面却发挥了重要作用。

基督教学校是由传教士创办的，对日本原有的教育状况产生的影响不大，但由于它是以培养掌握西方科学知识的神职人员为主要教育目的，所以其影响比单纯的西方学传播更深远。1550年至1580年的30年间，传教士在日本西部开办了近200所小学，主要创设在教堂中，由传教士担任教师通过日语或拉丁语来讲授读写的技能。

1580年，传教士又分别在长崎和京都创立了具有中等教育性质的神学校，主要以社会上层人士子弟为主要教育对象，以培养日本神职人员为主要教育目的，同时作为神学的预备学校。

教授的内容主要包括神学和哲学的基本知识，例如《神学纲要》和《基督教子弟的教育》等，还有一些基础课程。1580年，传教士又创办了相当于高等教育程度的府内神学院，以培养祭司，开设哲学和神学两门主要课程。

神学院采取适应日本传统文化习俗的政策，对日本各方面进行了详细的考察，特别是在语言方面。传教士编写的语言学书籍都是口语化的书籍，使用当时的标准语，大致以京都语为规范，就其规范意识极其严格这一点来说，远远胜过日本当时的学术水平。